SeqOIA est un Laboratoire de Biologie Médicale (LBM) autorisé à l’activité de biologie médicale et à la réalisation d’examens des caractéristiques génétiques constitutionnelles par l’Agence Régionale de Santé d’Ile-de-France et l’Agence de Biomédecine.
LES COMPOSANTES DU LABORATOIRE DE BIOLOGIE MÉDICALE
Le Laboratoire de Biologie Médicale SeqOIA comprend un pôle Ressources, un pôle Qualité, ainsi que trois composantes structurant l’activité de séquençage génomique :
Plateforme d'analyse (SeqOIA-Gen)
qualification, extraction, préparation, séquençage
Plateforme de bio-informatique (SeqOIA-IT)
traitement, stockage, archivage des données
Plateforme d'interprétation (SeqOIA-LMG)
collectif des biologistes habilités par le LBMMS SeqOIA
Le laboratoire de séquençage très haut débit SeqOIA-Gen
Le laboratoire de séquençage très haut débit assure l’accueil des échantillons, leurs préparations et le séquençage.
Des équipements de dernière génération ont été installés, en particulier quatre séquenceurs NovaSeq 6000.
Trois types d’analyses sont réalisés : génome complet (WGS), exome complet (WES) et transcriptome (RNASeq) dans le domaine des maladies rares et des cancers.
La plateforme SeqOIA-Gen est située sur le site de l’ancien hôpital Broussais, au sein du bâtiment Leriche.
Actuellement, environ quinze professionnels (ingénieurs, techniciens de laboratoire, qualiticiens, biologistes) y exercent.
HORAIRES D’OUVERTURE :
Le laboratoire est ouvert du lundi au vendredi de 9H00 à 17H00
ACCÈS :
L’entrée principale se trouve rue Huguette Schwartz, Paris 14e
La plateforme bioinformatique SeqOIA-IT
SeqOIA-IT assure la réception, le traitement et la conservation de l’ensemble des données de séquençage génomique.
Pour mener à bien ces missions, SeqOIA-IT dispose d’une infrastructure prête à l’emploi :
Hébergeur agréé de données de santé
Les équipes de SeqOIA-IT développent un outil de e-prescription dédié (SPICE) ainsi que des pipelines d’analyse et des outils d’aide à l’interprétation des données de séquençage. Ces développements s’effectuent en collaboration avec deux groupes de bioinformatiques (génétique constitutionnelle et génétique somatique), pour répondre au mieux aux besoins des prescripteurs et des biologistes.
L’équipe de la plateforme bio-informatique SeqOIA-IT est composée d’une dizaine de professionnels au sein du campus Picpus (Paris 12e).
Les biologistes habilités du LBMMS SeqOIA
Le laboratoire SeqOIA est un laboratoire multisite composé de SeqOIA- Gen, de SeqOIA-IT et de Laboratoires de Médecine Génomique (LMG) ancrés sur les structures hospitalières des membres du Groupement de Coopération Sanitaire SeqOIA.
Chaque LMG regroupe les experts qui valident les comptes-rendus des analyses médicales du laboratoire SeqOIA.
Ces experts bénéficient d’une habilitation initiale en génétique constitutionnelle ou en génétique somatique.
Pour la génétique constitutionnelle, l’habilitation est fondée sur trois critères :
- Aptitude à la validation des examens de génétique constitutionnelle
Agrément en cours de validation par l’Agence de la Biomédecine du praticien pour l’examen des caractéristiques génétiques à des fins médicales
L’agrément fonctionne comme un agrégateur de preuves : formation et qualification, expérience professionnelle, travaux et publications, formation continue et mise à jour des compétences, rapports d’activité annuelle. - Expertise requise dans la pré-indication
Cooptation par le clinicien et/ou le biologiste référent de la pré-indication et par le biologiste responsable du site concerné. - Intégration au LBM SeqOIA
Prise de connaissance de l’outil de e-prescription SPICE et des documents clés du LBM SeqOIA
Formation initiale notamment à l’outil d’interprétation GLEAVES avec attestation correspondante, résultats aux « quizz » et interprétation d’un compte-rendu test.
- AP-HP. Centre-Université de Paris (Pr. S. Romana)
- AP-HP. Sorbonne Université (Pr. E. Leguern)
- AP-HP. Nord-Université de Paris (Pr. C. Boileau)
- AP-HP. Nord-Université de Paris Saclay (Pr. A. Mantel / Dr. J-P. Rabes)
- AP-HP. Hôpitaux universitaires Henri-Mondor (Pr. B. Funalot)
- AP-HP. Paris Seine Saint-Denis (Pr. O. Schischmanoff)
- Gustave Roussy (Dr. E.Rouleau)
- Institut Curie (Dr. I. Bièche)